Efectivamente necesitas la medida de caudal:
ppm CO2*PesoMolecular (44)/22,4= obtienes mg/m3N, si tuvieras el caudal m3N/hora, obtendrías mg/hora y considerando el número de horas de funcionamiento al año obtendrías la masa emitida al año.
El caudal deberías medirlo con un tubo pitot tipo L, aunque puedes utilizar dato de manual.